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Indemnités journalières auto-entrepreneur : le calcul 2026

Le calcul tient en trois temps : votre chiffre d'affaires moins l'abattement forfaitaire, la moyenne des trois années civiles précédentes, puis une division par 730. Résultat plafonné à 65,84 € bruts par jour au 1er janvier 2026.

Par Eyal Chelly·Fondateur, Courtier en assurance·14 juillet 2026·Revu le 14 juillet 2026·ORIAS 240 082 22

Votre indemnité journalière vaut 1/730e de votre revenu d'activité annuel moyen des trois dernières années — c'est-à-dire votre chiffre d'affaires après abattement forfaitaire, jamais le chiffre d'affaires brut. Elle est plafonnée à 65,84 € bruts par jour au 1er janvier 2026, versée à partir du 4e jour d'arrêt, après douze mois d'affiliation continue.

Vous facturez 40 000 € par an. Vous tombez malade. Combien touchez-vous par jour ? La plupart des auto-entrepreneurs répondent en partant de leur chiffre d'affaires. C'est l'erreur qui fait découvrir, au pire moment, une indemnité de 27 € par jour.

L'Assurance Maladie ne calcule pas vos indemnités journalières sur ce que vous encaissez. Elle les calcule sur ce qu'il reste après l'abattement forfaitaire de votre régime micro. Ce revenu-là est deux à trois fois plus petit. Et sous un certain seuil, il ne donne droit à rien du tout.

Trois étapes suffisent à connaître votre montant : l'abattement, la moyenne sur trois ans, la division par 730. Nous les déroulons ci-dessous, chiffres 2026 à l'appui, avec un tableau par type d'activité. Notre équipe de courtiers s'en sert chaque semaine pour poser le vrai point de départ d'un dossier.

Comment sont calculées les indemnités journalières d'un auto-entrepreneur ?

Le calcul tient en trois temps : votre chiffre d'affaires moins l'abattement forfaitaire, la moyenne des trois années civiles précédentes, puis une division par 730. Résultat plafonné à 65,84 € bruts par jour au 1er janvier 2026.

Première étape, l'abattement forfaitaire. L'Assurance Maladie ne retient pas votre chiffre d'affaires, mais ce qu'il en reste après abattement : 71 % pour la vente de marchandises, 50 % pour les prestations de services BIC (bénéfices industriels et commerciaux), 34 % pour les activités non commerciales BNC. Un prestataire de services qui facture 40 000 € déclare donc 20 000 € de revenu.

Deuxième étape, la moyenne. On additionne ce revenu sur les trois années civiles qui précèdent l'arrêt, dans la limite du PASS (le plafond annuel de la Sécurité sociale, 48 060 € en 2026). Troisième étape, la division. Ce revenu annuel moyen, ou RAAM, est divisé par 730. Notre prestataire touche 27,40 € par jour. Le plafond de 65,84 € ne concerne, lui, que les revenus supérieurs à 48 060 €.

Sources : ameli.fr

Ce que verse le régime de base en 2026, selon votre activité

Profil (CA annuel moyen sur 3 ans)Revenu retenu (après abattement)Indemnité journalièreArrêt de 30 jours (27 IJ)
Services (BIC) — 20 000 € de CA10 000 €13,70 €/jour369,90 €
Services (BIC) — 40 000 € de CA20 000 €27,40 €/jour739,80 €
Services (BIC) — 60 000 € de CA30 000 €41,10 €/jour1 109,70 €
Libéral (BNC) — 20 000 € de CA13 200 €18,08 €/jour488,16 €
Libéral (BNC) — 40 000 € de CA26 400 €36,16 €/jour976,32 €
Vente de marchandises — 30 000 € de CA8 700 €11,92 €/jour321,84 €
Services (BIC) — 8 000 € de CA4 000 €, sous le seuil de 4 582 €0 €0 €

Calculs E-Courtage Conseils à partir des règles Ameli en vigueur au 1er janvier 2026 (abattements micro-fiscaux, 1/730e du revenu annuel moyen, plafond 65,84 €/jour). Un arrêt de 30 jours ouvre 27 jours indemnisés, après les 3 jours de carence. Micro-entrepreneurs en BNC : régime des professions libérales (plafond 197,51 €/jour, 90 jours maximum par arrêt).

Quand vos indemnités journalières sont-elles égales à zéro ?

Zéro euro. Si votre revenu annuel moyen des trois dernières années reste sous 4 582 €, l'indemnité journalière est nulle pour un arrêt débutant en 2026. Vous cotisez, vous êtes affilié, et vous ne percevez rien.

Le seuil correspond à 10 % de la moyenne des PASS des trois années retenues, soit 4 582 € pour un arrêt qui commence en 2026. Traduit en chiffre d'affaires — il s'agit d'une dérivation de l'abattement, pas d'un barème publié — il faut environ 9 164 € de CA moyen en prestations de services BIC, 6 942 € en BNC, et 15 800 € en vente de marchandises.

En dessous, l'indemnité tombe à 0 €. Le cas est fréquent : activité lancée l'an dernier, activité complémentaire d'un salariat, année blanche après un congé. Vous payez vos cotisations maladie, et l'arrêt de travail ne vous rapporte rien. Reste à savoir à quelles conditions le versement démarre, quand il démarre.

Sources : ameli.fr

Quelles conditions pour ouvrir vos droits (carence, affiliation) ?

Deux conditions verrouillent le versement : douze mois continus d'affiliation au titre de l'activité en cours, et trois jours de carence. Les indemnités ne courent qu'à partir du 4e jour d'arrêt, hospitalisation comprise.

L'affiliation d'abord : douze mois continus au titre de l'activité en cours. Un changement de statut récent peut donc vous laisser sans droit, même si vous cotisez ailleurs depuis des années.

La carence ensuite. Elle est de trois jours, uniformément, depuis la réforme du 1er juillet 2021. L'hospitalisation ne la raccourcit pas : c'est le droit commun. Trois situations la neutralisent : une prolongation après une reprise de moins de 48 heures, une affection de longue durée (la carence n'est alors retenue que pour le premier arrêt sur trois ans), une interruption spontanée de grossesse.

Enfin, l'indemnisation du régime de base est limitée dans le temps. Un arrêt qui dure finit par en sortir. C'est là qu'un contrat complémentaire, avec son propre délai de franchise, prend le relais.

Sources : ameli.fr

Vos indemnités journalières sont-elles imposables ?

Oui. Les indemnités journalières du régime de base supportent la CSG à 6,2 %, la CRDS à 0,5 % et l'impôt sur le revenu, prélevé à la source. Seul un arrêt lié à une affection de longue durée échappe à l'impôt.

Faites le calcul honnête. Sur 65,84 € bruts, les prélèvements sociaux — 6,7 % au total — laissent environ 61,4 € nets par jour, avant impôt. Ce montant est une dérivation des taux publiés par l'Assurance Maladie, pas un barème officiel.

L'impôt vient ensuite. Vos indemnités s'ajoutent à vos revenus imposables de l'année, avec prélèvement à la source. L'exception tient à l'affection de longue durée, exonérée d'impôt sur le revenu. Ne confondez pas ces indemnités avec celles d'un contrat complémentaire, dont les cotisations sont déductibles au titre de l'article 154 bis du CGI — leurs prestations sont, elles aussi, imposables.

Sources : ameli.fr

Et si vous êtes en profession libérale ?

Les règles changent. Depuis le 1er juillet 2021, les professions libérales perçoivent des indemnités journalières : 1/730e du revenu moyen dans la limite de 3 PASS, jusqu'à 197,51 € bruts par jour, pendant 90 jours au maximum.

Le droit est récent. Il ne vaut que pour les arrêts débutant à compter du 1er juillet 2021, et du 1er janvier 2022 pour les médecins remplaçants et les conjoints collaborateurs. La mécanique reste la même : 1/730e du revenu annuel moyen des trois dernières années, douze mois d'affiliation, trois jours de carence. Mais le revenu retenu monte jusqu'à 3 PASS, soit 144 180 € en 2026. L'indemnité maximale atteint donc 197,51 € bruts par jour.

La borne, elle, est plus dure : 90 jours par arrêt. Au-delà, le régime de base ne verse plus d'indemnité journalière. Un micro-entrepreneur en BNC affilié à la Cipav (la caisse des libéraux) dépend de ce régime : son calcul part du CA après abattement de 34 %.

Sources : ameli.fr

L'indemnité journalière maladie d'un artisan, commerçant ou micro-entrepreneur est égale à 1/730e du revenu d'activité annuel moyen des 3 années civiles précédant l'arrêt, retenu dans la limite du PASS (48 060 € en 2026), avec un maximum de 65,84 € bruts par jour au 1er janvier 2026, après 12 mois continus d'affiliation et 3 jours de carence.

Pour les professions libérales, l'indemnité journalière du régime de base est calculée au 1/730e du revenu d'activité annuel moyen, retenu dans la limite de 3 PASS (144 180 € en 2026), plafonnée à 197,51 € bruts par jour au 1er janvier 2026, après 3 jours de carence et pendant 90 jours maximum par arrêt.

Ce que le régime de base ne remplace pas

Un arrêt de 30 jours rapporte 739,80 € à un prestataire qui facture 40 000 € par an. Le loyer, l'URSSAF et les traites, eux, ne s'arrêtent pas. Un contrat de prévoyance TNS complète ces indemnités et couvre ce que le régime de base ignore, comme la rente d'invalidité. Nos conseillers, courtiers indépendants, comparent 60 assureurs et chiffrent l'écart avec vous.

Vérifié le 14 juillet 2026 par Eyal Chelly

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Questions fréquentes

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Comment calculer les indemnités journalières d'un auto-entrepreneur ?

IJ = 1/730e du revenu annuel moyen des 3 dernières années (CA après abattement), plafonnée à 65,84 € par jour au 1er janvier 2026.

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